Cơ quan trực thuộc

• Văn phòng
• Thanh tra Quốc phòng Quân khu
• Bộ Tham mưu[4]

Tham mưu trưởngː Thiếu tướng Nguyễn Đức Dũng

Phó Tham mưu trưởngː Thiếu tướng Phạm Hoàng Long

Phó Tham mưu trưởng: Đại tá Phạm Đức Tiếp

Phó Tham mưu trưởng: Đại tá Đỗ Ngọc Hiên

• Cục Chính trị[5]

Chủ nhiệm: Thiếu tướng Nguyễn Quốc Tuấn

Phó Chủ nhiệm, Bí thư Đảng ủy: Thiếu tướng Nguyễn Huy Hoàng

Phó Chủ nhiệm: Đại tá Nguyễn Nam Tiến

• Cục Hậu cần[6]
  • Chủ nhiệm: Đại tá Trần Quốc Tiến
  • Chính ủy (Bí thư Đảng ủy): Đại tá Lê Đức Quý
  • Phó Chủ nhiệm: Đại tá Lê Nguyên
  • Phó Chủ nhiệm: Đại tá Cáp Văn Nam
  • Phó Chủ nhiệm: Thượng tá Đỗ Văn Hậu
• Phó Chủ nhiệm: Thượng tá An Thanh Quang
• Cục Kỹ Thuật
  • Chủ nhiệm: Đại tá Nguyễn Đinh Chương
  • Chính ủy (Bí thư Đảng ủy): Đại tá Trần Văn Hoành

Đơn vị trực thuộc Quân khu

• Bộ Chỉ huy quân sự thành phố Hải Phòng
• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Quảng Ninh
• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Hưng Yên
• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Hải Dương
• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Thái Bình
• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Nam Định
• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Hà Nam
• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Ninh Bình
• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Hòa Bình
• Sư đoàn 350[7]
• Sư đoàn 395[8]
• Lữ đoàn Phòng không 214[9]
• Lữ đoàn Pháo binh 454[10]
• Lữ đoàn Công binh 513
• Lữ đoàn Bộ binh phòng thủ 242[11]
• Lữ đoàn Tăng-Thiết giáp 405[12]
• Lữ đoàn Thông tin 603[13]
• Lữ đoàn Vận tải đường thủy 273[14]
• Đoàn KTQP 327[15]
• Trường quân sự Quân khu 3[16]
• Trường Cao đẳng Nghề số 3[17]
• Công ty 389[18]
• Công ty Duyên Hải[19]

Đơn vị trực thuộc Cục

• Tiểu đoàn Kho Công binh, Bộ Tham mưu
• Tiểu đoàn Đặc công 41, Bộ Tham mưu[20]
• Tiểu đoàn Trinh sát, Bộ Tham mưu
• Tiểu đoàn Phòng hóa 38, Bộ Tham mưu
• Tiểu đoàn Vệ binh 30, Bộ Tham mưu[21]
• Xưởng 10, Bộ Tham mưu[22]
• Toà án Quân sự, Cục Chính trị.
• Viện kiểm sát Quân sự, Cục Chính trị.
• Trung đoàn Vận tải 653, Cục Hậu cần[23]
• Kho Hậu cần tổng hợp, Cục Hậu cần[6]
• Bệnh viện Quân y 5, Cục Hậu cần[22]
• Bệnh viện Quân y 7, Cục Hậu cần [25]
• Cụm kho 76, Cục Kỹ thuật[24]
• Kho K22, Cục Kỹ thuật[25]
• Kho K23, Cục Kỹ thuật[26]
• Xưởng X81, Cục Kỹ thuật[27]
• Xưởng X56, Cục Kỹ thuật[28]